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氟化合物对人体有害，少量的氟（mg以内）就能引发一系列的病痛，大量氟化物进入体内会引起急性中*。因吸入量不同，可以产生各种病症，例如厌食、恶心、腹痛、胃溃疡、抽筋出血甚至死亡。若中*量不足致死，人体可以迅速从氟中*中恢复，尤其在使用静脉注射或是肌肉注射葡萄糖酸钙治疗时，约有90%的氟可被迅速消除，剩余的氟则需要时间除去。经常接触氟化物，容易导致骨骼变硬、脆化，牙齿脆裂断落等症状，部分地区饮水中含氟量过大也容易导致氟中*。[3]
痕量的氟有利于预防龋齿，若水中的氟含量小于0.5ppm，龋齿的病发率会达到70%~90%。[4]但如果饮用水中含氟量超过1ppm，牙齿则会逐渐产生斑点并变脆。[3]饮用水中氟含量超过4ppm时，人易患氟骨病，导致骨髓畸形。降低饮用水中氟含量的方法是煮沸饮用水。[4]
不溶性的氟化物*性低，对皮肤无刺激，但若吸入大量粉尘，则容易被人体吸收而慢性中*。可溶性的氟化物被吸收后可迅速排出，一次吞服5~10g则会引起胃肠出血而死亡。酸性氟化物，例如氢氟酸，氟硼酸等会剧烈腐蚀皮肤，接触处会发生红肿并蔓延，产生难以愈合的溃疡。单质氟、氟化氢等气体对人眼、鼻有刺激，吸入量过大则会引起严重的气管炎和肺水肿，导致死亡。[3]
接触氟化物工作的人最严重和最危险的是脸部和皮肤接触氟和氟化物。因此在使用氟和氟化物时必须遵守操作流程，并有可靠的安全措施，包括操作用具、橡皮手套，有遮盖的防护面罩和有防酸性气体的防*面具。工作场所应有良好的通风设施，对于反应活性大的物品应有防爆装置。被氟化氢与其他氟化物灼伤时要及时处理灼伤部位先用大量水冲洗，再用甘油氧化镁涂敷，最妥善的方法是立即在患处注射葡萄糖酸钙，使氟被固定为不溶性的氟化物。[3]此外使用六氟灵冲洗是处理氢氟酸事故的良好方法，六氟灵的原理是通过中和反应和配位作用减少人体内的氢离子与氟离子数量。
一部分有机氟化物的*性很大，其中对于含氟羧酸，结构通式为F(CH2)nCOOH，若n为奇数则该有机物是极*的，n为偶数时*性很小甚至无*。[3]在年11月底发生过快递运送氟乙酸甲酯而致人死亡的事件，其中氟乙酸甲酯的氟乙酸部分n=1。
氟对于昆虫的*性近似于氟化氢，对于植物的*性则近似二氧化硫，氟化合物会使得植物叶端和叶脉出现白斑或者褐斑。[3]
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