北大校长、国学大师、开学术自由之风，立兼容并包之规……这是国人熟悉的蔡元培。但还有一个蔡元培是一般人非常陌生的，那就是：他曾经是一个立场无比坚定的暗杀者。究竟是什么原因让这样一位恂恂儒者走上这样一条激进之路？
24岁中举，26岁得进士
蔡元培年出生在浙江绍兴一个商贾之家。他6岁入家塾，17岁考取秀才，24岁中举，26岁得进士（座师是翁同龢）。到28岁，蔡元培已经实现了旧式知识分子的最高理想，登科殿试，成为当朝翰林院的编修。
青年蔡元培就在蔡元培荣升翰林院编修后不久，年7月爆发了中日甲午战争，身处京城的他开始对民族危机和清廷的腐败有了切身感受。当时，他曾以翰林院编修的身份列名奏请朝廷，切勿向日本求和，可清廷不顾朝野反对，签下了丧权辱国的《马关条约》。蔡元培闻后悲愤交集，从此对清廷极度失望。
年9月21日，西太后发动戊戌*变，百日维新失败。同情变法的蔡元培认为“此后北京*府，无可希望”，遂愤然与清廷决裂，决议离京返乡。年夏天，蔡元培离开故乡前往上海，成为上海南洋公学特班总教习。其时，各地爱国志士纷纷组织爱国团体进行革命活动。年4月21日，蔡元培与叶瀚、蒋智由等在上海发起成立中国教育会。蔡元培被推举为会长。同年11月下旬，上海南洋公学因压制学生思想言论自由，发生了多名学生的退学风波，学校当局将学潮的责任推到蔡元培的头上，说与他平时在学生中提倡民权有关。出于对当局的不满，蔡元培愤然退出了南洋公学，着手创办爱国学社、爱国女校。
“革命止有两途：一是暴动，一是暗杀”
除普及新式教育外，中国教育会对宣传革命思想亦不遗余力。蔡元培认为“革命止有两途：一是暴动，一是暗杀。”年，他发起成立了秘密暗杀团――光复会，专门从事暗杀清朝专权高官的工作。
年，光复会部分成员在日本合影蔡元培认为，暗杀需要自制方便、秘密、快速而且容易伪装隐蔽的武器，他决心研制化学*药。要研制化学*药就需要有懂化学的人，他马上将爱国女校的化学教师钟宪鬯、俞子夷吸收入暗杀团。
俞子夷配制出氰酸，蔡元培弄来一只猫，强迫灌下几滴，猫即中*而死。后来蔡元培又认为液体*药使用还不太方便，易被人发觉，如能改成固体粉末更好，于是急去书店买了一批药物学、生药学和法医学书籍，亲自领导研究。
不久，蔡元培觉得还是用炸药更好一些，随即转向研究炸药。他带领研制小组日夜攻关，终于自制出了一种体积小、威力大的炸药。
另外，蔡元培认为女子去实行暗杀比男子更隐蔽些，因而他在爱国女校特别注重化学课的讲授，为将来学习炸药和*药做基础准备。蔡元培还亲自制定了爱国女校的校歌，歌词中说女校为“特殊新教育，旧法新俄吾先觉”，女学俨然是模仿俄国虚无*的暗杀机构，专门]培养可用于暗杀事业的“有自信之青年妇女”。
陶成章曾在中国教育会办的通学所讲授催眠术。当时蔡元培对催眠术颇感兴趣，不但自己时时往通学所听课，还对其他人说催眠术可作为暗杀工具，鼓励大家去听。
年，光复会员吴樾身绑炸弹混上火车，要炸出国考察的清*府“五大臣”。然而因为炸弹不慎提前爆炸，吴樾当场牺牲。
因“途穷”而转回学术救国的道路
其实，在当时，与蔡元培有同样思想和行动的人并非少数，也不都是一般意义上的草莽英雄，大多都是当世优秀爱国知识分子。比如，孙中山、*兴、章太炎、徐锡鳞、秋瑾、陈独秀、陈炯明等等，几乎囊括了当时中国社会上的多数名人。
当时中国的先进知识分子们组织了几十个暗杀团体，从而制造出许多起针对清廷高官的暗杀事件，然而基本都未能遂愿。一时之间，期望通过“劫万乘之尊于五步之内”而取得革命成功已然无望。他在数年后与吴稚晖提起这件旧事时说，在上海的近三年时间里，因学术救国无可进行之可能，所以专注于暗杀救国，“其间颇有艰难秘密之历史”，但最后则以“途穷”而转回学术救国的道路。
年7月，蔡元培赴德国留学，从此从革命家转型成为一代学贯中西的文化大师。